Il gruppo di ricerca in Microbiologia Agraria affronta aspetti microbiologici di processi trasformativi che avvengono in ambienti naturali o in situazioni comunque non controllate, oppure in processi di trasformazione condizionati dall'intervento umano. Gli studi sono volti ad acquisire conoscenze successivamente impiegate per indirizzare tali trasformazioni al fine di ottenere risultati ritenuti positivi dal punto di vista, appunto, ambientale, alimentare e agrario. Sono studi frequentemente trasversali, nel senso che mirano a integrare reciprocamente le competenze scientifiche presenti nel gruppo per ottenere informazioni utili allo scopo suddetto. L'approccio comune, quindi, è un approccio di "sistema": ciò che contraddistingue la filosofia di ricerca di questo gruppo è l'impegno a seguire i processi considerati dalla loro origine (la "materia prima" in senso lato) fino al contatto con i previsti destinatari (consumatori o produttori di alimenti, fruitori di sistemi di bonifica ambientale, ecc.).

Nell'ambito delle ricerche su temi alimentari, il gruppo si occupa a livello tecnologico e microbiologico sia di sicurezza alimentare che del controllo di processi fermentativi e/o trasformativi, in vista della loro ottimizzazione o della previsione del loro andamento. Le matrici prese in considerazione vanno dal vino, ai formaggi, agli insaccati, ai vegetali sottoposti a diverse modalità di conservazione.

I microrganismi stoccati a -80°C in glicerolo derivano da studi di natura ecologica di diversi ecosistemi microbici, principalmente di natura agro-alimentare ma non manca una componente ambientale. Al momento sono conservati lieviti isolati da fermentazioni di vino e di cacao, batteri lattici provenienti da fermentazioni lattiero-casearie, di vegetali, di carni, impasti acidi e di cacao (tra questi ve ne sono alcuni in grado di produrre batteriocine utili nell’approccio di bioprotezione, ed altri dettagliatamente caratterizzati in vitro per un loro potenziale probiotico), batteri acetici isolati da fermentazioni di cacao e batteri d’interesse ambientale e degli archea.

La collezione rappresenta senz’altro un’importante risorsa biotecnologica per le aziende del settore alimentare che producono alimenti fermentati. I ceppi in essa depositati, in alcuni casi, sono stati anche caratterizzati dal punto di vista fisiologico e questo è più frequentemente verificato nel caso di batteri lattici provenienti da ambienti lattiero-caseari e da lieviti (sia Saccharomyces che non-Saccharomyces) isolati durante i processi di fermentazione del vino. La collezione rappresenta un ottimo punto di partenza per la selezione di microrganismi starter da utilizzare in specifici processi fermentativi alimentari.